微波治疗仪可分成理疗和治疗两种功能，其中，理疗功能是微波治疗仪基本核心的功能。
理疗就是通过微波理疗头将主机产生的微波能量发送到人体的炎症组织病灶内。目前常见的微波治疗仪频率是2450GHz和915MHz，市场上绝大多数的微波治疗仪频率是2450MHz，我们通过换算可以知道，该频率对应的电磁波波长是12.24厘米，红外线和频谱、TDP以及神灯的波长都是小于1000微米的电磁波，即波长不到1毫米的电磁波，由于微波的波长远远长于红外线、频谱等的波长，所以作为同样都是电磁波的微波，理疗时其电磁波的穿透力就远强于其它的上述常见的热疗仪，可以照射深度达到5-6公分深度。临床上将微波的效用分为热效应和非热效应两部分。
1、热效应
热效应是与微波引起的人体组织温度上升有关的效应。微波是电磁波的一种，物理学角度看就是频率2450MHz ，速度为3*108米/秒，波长为12.12cm的电磁波，是一种具有交变电场和交变磁场的能量，当微波（通过微波理疗头）照射到人体组织时，能量可以轻松直达人体5-6公分的深度，并且促使该范围内的以水分子为主的极性分子产生高速旋转和振荡，因为分子间因为相互摩擦产生大量的热量，组织的温度就会明显快速的上升，所以微波热效应的基础不但在于微波是电磁波，而且更在于微波的波长长，可以使人体比较深的组织的温度上升，这是促进血液循环和消炎最需要的过程。
以我们人类现有的物理学手段来看，微波具有其它非射频类物理因子不可能具备的穿透力，所以微波治疗仪促进血液循环、促进致炎代谢物的吸收、促进细胞新陈代谢的能量是突出的，也是临床需要的办法，并且该办法是其它手段不可能具备的。因此国际学术界将微波治疗仪等同于炎症治疗仪来看待是非常准确和科学的。
2、非热效应
刚才我们提到微波是电磁波的一种，是具有交变电场和交变磁场的能量，这是在微波能量很低，不足以引起人体组织温度变化的时候就开始起作用的临床效应，大家分析一下，当交变电场，即高速交替变化的正负电极变化的能量作用于人体一些带电的物质的时候，一定会引起其交替振荡，这样可以引起一系列的生物学变化，改变红细胞的聚集状态，使血液中影响血粘度的红细胞聚集解聚，大大降低血液黏稠度，加速了血液流动；细胞膜具有一定的离子吸附，并具有一定的膜电位，所以当交变电场作用于人体组织时，会影响细胞膜的物质代谢和交换，很好地提高了细胞的新陈代谢；交变电场和磁场会提高人体内的酶类的活性和功效，细胞的新陈代谢积极参与者的酶类的活性的提高，也进一步加强了人体细胞的自愈和修复能力，这是人体需要的功能之一；人体乳脂具有一定的介电系数，所以乳脂排列在交变场下会形成串状排列，这样对组织的生化过程起到催化剂的作用。一系列的微波的非热效应最近20多年越来越引起临床的关注，其神奇的临床效用已经给医学界带来高度的惊奇。
