骨关节炎疾病和软组织炎症疾病的治疗方法无非就是如何消炎、消肿、解除疼痛，和促进退变组织的康复的方法。治疗过程一般历经如下三个方面：
（1）通过改善血液循环，促进血液流动，促进致炎物质的吸收；
（2）通过清除致炎物质，消除炎症和水肿，因此水肿导致的疼痛会消失；
（3）通过促进对炎性组织的血液供给，促进细胞的新陈代谢，其结果就是退变组织的康复；
下面详细介绍治疗过程：
一 促进致炎物质的吸收：大部分的骨关节炎和一些软组织炎症疾病都是慢性炎症，从病理角度看，就是炎症组织的微循环障碍，使得组织细胞与周围的致炎物质不断产生刺激作用，因此出现细胞的病变，导致组织的炎症和水肿，水肿组织因为压迫神经，从而出现疼痛，所以炎症、水肿和疼痛客观意义上讲，是同步出现的，治理方法也是同一的。微波治疗炎症、疼痛的过程是利用微波这个具有强劲穿透力的电磁波，作用于炎症组织的水分子，使之产生摩擦和振动而产生热量，因此治疗时都会有很舒适的透热感觉，这就是微波热疗的过程。简单地讲，就是通过加热炎症组织，使之温度上升，血管扩张，促进了血液流动，即改善了组织的微循环，通过微循环的改善，使堆积在组织细胞周围的致炎物质被轻松带走，即被清除出炎症组织。其实致炎物质包括很多东西，有新陈代谢产生的自由基、中分子等，也有过量吸收的能刺激****组织的物质，包括药物携带的化学残留物质，饮食摄入的污染物等。
二 炎症消除和疼痛消失：由于致炎物质的清除，解除了刺激细胞水肿的物质，所以细胞会恢复到正常状态，其结果就是水肿消失和疼痛消除；另外，由于微循环的显著改善，大大改善了对组织细胞的营养供给，使细胞的新陈代谢恢复到很好的水平层次，也同样使水肿的细胞得以康复，促进了水肿的消除。
注：以上两个过程是比较容易做到的，只要保证微波能穿透到炎症组织，就会产生消炎和消肿的结果，但是不同的微波治疗仪，由于采用的治疗模式不同，即使是很先进的脉冲微波，由于脉冲峰值差异很大，其疗效和起效的速度会有一定的差异，但是消炎消肿和解除疼痛的疗效是非常确定的。
三 促进退变组织的康复：长期炎症状态下，组织和组织细胞的退变是必定要发生的。退变包括组织粘连、组织增生和骨骼异常等，这样的退变组织的康复不是一朝一夕能做到的，很多患者咨询时问到的“能不能彻底治愈”，其实就是过度的期待和对炎症康复的不正常理解所致，在医院采用微波治疗的方式，一般能做到的只是上述1和2两个过程，绝大多数患者并没有坚持合理的巩固治疗时间，所以疾病有很大程度复发的概率，巩固治疗是必不可少的，而且对很多慢性炎症疾病是完全可以做到临床上的治愈疗效的，核心的关键就是炎症消除后巩固治疗的程度，当然在医院坚持合理的康复治疗也不是容易做到的，既涉及到时间安排，也与一些疾病的治疗费定价过高有关，比如前列腺炎的治疗，一次500元的收费使得患者在坚持2周治疗后已费用过万，一些前列腺炎和盆腔炎、腰椎病等由于组织退变比较厉害，需要有相当长的康复时间，否者容易复发。这本身不是微波治疗仪的过错，是多方面原因使治疗不彻底所致。
微波治疗仪使炎症的康复步入一个“疾病有所依、效果可以期待”的时代，家用微波治疗仪，尤其是家用脉冲微波治疗仪的出现，必定会给很多患者带来前所未有的福音。